São Francisco có khả năng thông hành tự nhiên quanh năm từ Pirapora (Minas Gerais) đến các thành phố song sinh là Petrolina (Pernambuco) và Juazeiro (Bahia), với chiều dài 1.371 kilômét (852 dặm). Tuy nhiên, có những khác biệt lớn tùy theo lượng mưa và độ sâu. Do sự đa dạng về các đặc điểm địa hình trong suốt đoạn có khả năng thông hành, nên nó có thể được chia thành 3 phần:

1. Từ Pirapora đến Pilão Arcado (Bahia), dài 1.015 kilômét (631 dặm); khác biệt về độ cao lên tới 6 mét (20 ft) có thể xuất hiện do mưa và hạn hán.
2. Từ Pilão Arcado đến đập Sobradinho; một hồ chứa dài 314 kilômét (195 dặm), có diện tích bề mặt là 4.214 kilômét vuông (1.627 dặm vuông Anh) và khá sâu.
3. Từ đập Sobradinho đến Petrolina/Juazeiro, với chiều dài 42 kilômét (26 dặm) và độ sâu trung bình 2 mét (6 ft 7 in), duy trì lưu lượng 1.500 m³/giây (khoảng 53.000 ft³/giây).

Cho đến những năm gần đây, São Francisco thường có một loại thuyền chở khách được gọi là gaiola (tiếng Bồ Đào Nha của từ "lồng"). Chúng là những tàu thủy hơi nước bánh guồng, một số trong đó từng được sử dụng trên [[sông Mississippi và có được sản xuất từ thời nội chiến Hoa Kỳ. Sau đập Sobradinho xây tại Bahia, cấc điều kiện về khả năng thông hành đã thay đổi đáng kể, do hồ chứa kích thước lớn dẫn đến hình thành các gợn sóng có độ cao đáng kể. Mặc dù đập có một cửa cống có khả năng thông hành, gaiolas gặp khó khăn với các cơn sóng và dòng chảy khi đi qua hồ. Đồng thời, nạn phá rừng và sử dụng nước thượng nguồn quá nhiều cho nông nghiệp trên dòng São Francisco và các chi lưu đã khiến cho mực nước ở trung lưu giảm đáng kể, tạo ra các dải cát và cù lao làm cản trở việc thông hành.

Trong một thời gian ngắn, điều kiện như vậy khiến cho các gaiolas lớn không thể thông hành, mặc dù điều này vẫn có thể đối với các thuyền nhỏ hơn. Các vỏ tàu cũ có thể nhìn thấy trên sông tại Pirapora. Năm 2009, một tàu duy nhât có tên là Benjamim Guimarães, vẫn còn hoạt động, hoạt động du lịch trên tuyến đường ngắn từ Pirapora đến São Romão và trở lại.[3]